A fost ctitorită mai întâi din lemn, pe locul unui lăcaș mai vechi, în mahalaua zisă „a lui popa Istratie” și rectitorită de doamna Maria, soția lui Șerban Cantacuzino, spre final de secol XVII. Vasal al turcilor, domnul Ţării Româneşti, Şerban Cantacuzino, a fost nevoit să participe, în 1683, alături de otomani la asediul Vienei. Acolo, pe ascuns, românii i-au sabotat pe turci, care au fost nevoiţi să se retragă învinşi.

Doamna Maria, soţia domnitorului, a ctitorit această frumoasă biserică, din bucurie pentru marea izbândă a creştinătăţii. Încercat de cutremure și mereu refăcut cu tenacitate, lăcașul ni se arată și astăzi datorită zidurilor foarte groase.

La interior, se păstrează pictura murală realizată în secolul al XVII-lea de zugravii Constantinos și Ioan, amintiți în pomelnic. Aici se venerează o icoană a Maicii Domnului îndurerată, cu veşmântul cernit, lucrare de factură apuseană, despre care se spune că este făcătoare de minuni. Ascunsă de ochii trecătorilor, Biserica Doamnei duce mai departe, chiar în inima Bucureştilor, istoria unei lupte pentru menirea noastră europeană.