Inițial, biserica a aparținut unui han și a fost construită pe la jumătatea secolului al XVII-lea, pe timpul domnitorului Matei Basarab. Undeva până la 1654, nişte „zlătari” au primit dezlegare să ridice aici o mică biserică din lemn. Apoi, a fost zidită în 1705 chiar de către Spătarul Mihail Cantacuzino, cel care l-a sprijinit pe Constantin Brâncoveanu să ajungă la tronul ţării. Cum Bucureştii se tot întindeau, locul „Zlătarilor de la Sărindar” şi hanul de aici – colţ cu uliţa unde veneau „lipscanii” cu mărfuri din apus, devine zonă de interes. Fiind înzestrată cu prăvălii, pivniţe şi moşii, negustorii i-au dus faima mai departe.

După cutremurul din 1838, atunci când biserica era pe cale să se năruiască, a fost ridicată iarăşi, din temelie, în 1850, după cum se vede astăzi, după planurile lui Xavier Villacrosse, arhitect şef al Capitalei în acele vremuri. Pictura interioară a fost realizată (împodobită) de pictorul Gheorghe Tăttărescu. Mulţi dintre cei care-i calcă pragul astăzi își pun speranțele în moaștele Sfântului Ciprian, un fost vrăjitor convertit la creștinism, păstrate în biserică. Astfel, biserica Zlătari şi-a dobândit faima că îi ajută pe cei care vor să-şi găsească perechea ori să scape de ghinion, de vrăji și blesteme.