La tragedia de la 11 septembrie, primarul Rudolph Giuliani l-a chemat pe Egan să dea o mînă de ajutor și Cardinalul a petrecut ziua ajutînd la căutarea supraviețuitorilor. Egan a condus apoi funeraliile pentru victime, uneori chiar şi trei pe zi.

Cardinalul a fost ținta criticilor cînd a părăsit orașul New York pentru un sinod Vatican, la cererea Papei. Egan, care a fost consilierul lui Papa Ioan Paul, a declarat că a cerut în mod repetat permisiunea de a rămâne în New York, dar Papa i-a transmis lui Egan că e nevoie de el la Roma. Cardinalul a numit momentul respectiv, cînd loialitatea față de orașul său i-a fost pusă la îndoială, “cel mai rău lucru care mi s-a întîmplat vreodată în viața mea.”