În fruntea statului între 1993 (anul divizării pașnice a Cehoslovaciei) și 1998, acest fost bancher ales de Parlament a fost un critic sever al lui Vladimir Meciar, primul șef al guvernului de la Bratislava, ale cărui tendințe autoritare au izolat țara în arena internațională.
Conflictul în cauză a fost reamintit de actualul președinte, Andrej Kiska, în mesajul său pe Facebook ca reacție la decesul predecesorului său.
„Michal Kovac a fost președinte într-o perioadă dificilă (…), atunci când a avut loc o confruntare nemiloasă și brutală având ca miză natura și viitorul Republicii Slovace pe harta Europei și a lumii”, a scris Andrej Kiska. „Este regretabil (…) că nu a putut trăi destul timp pentru a vedea tribunalul judecând răpirea fiului său”, a adăugat președintele.
Răpirea lui Michal Kovac junior a fost atribuită premierului Vladimir Meciar de către presa națională și străină. Mass-media a văzut o tentativă de a-l intimida pe șeful statului.
Tânărul a fost răpit în Austria în 1995. Încătușat, cu ochii legați, el a fost forțat să bea o sticlă de whisky și supus unor șocuri electrice, înainte de a fi abandonat în mașina sa. Ulterior, Vladimir Meciar a blocat ancheta asupra acestei afaceri, atribuită de un tribunal austriac „autorităților slovace”.
În 1996, Michal Kovac a refuzat să semneze o lege „împotriva subminării ordinii de stat” care ar fi redus libertatea de expresie.
„Știam bine că poziția mea putea fi amenințată, dar în același timp am crezut că democrația era atacată, deci am încercat să îmi găsesc curajul de a risca respingerea”, a declarat Michal Kovac în 1999, când a candidat, fără succes, pentru al doilea mandat.
În anii care au urmat, el a trăit retras din viața publică. Bolnav de Parkinson, Michal Kovac a fost internat în spital în mai multe rânduri în ultimele săptămâni.