Prodan a ajuns în instanţă după ce un edil din Prahova l-a reclamat că i-a cerut 60.000 de euro, bijuterii de aur şi haine de blană pentru a-l scăpa de o anchetă penală. Achitat iniţial în acest dosar, Emilian Prodan a fost condamnat de Curtea de Apel Bucuresti, dar decizia nu este definitivă. El mai este judecat într-un alt dosar, tot pentru trafic de influenţă. Emilian Prodan a avut probleme şi cu oamenii legii după ce şi-a înfiinţat un ONG, „Poliţia Animalelor”, care folosea ilegal însemne oficiale. IGPR a reuşit, în instanţă, să interzică denumirea şi practicile acestei asociaţii.