Tot ce trebuie să ştii despre tulpina africană de coronavirus – Omicron. Explicaţiile unui profesor român din SUA

Omicron este denumirea tulpinei africane despre care se crede că ar fi mai contagioasă decât Delta și care a înecput să se răspândească cu rapiditate în europa. Dr. Cristian Apetrei a făcut o sinteză a informațiilor pe care trebuie să le cunoaștem despre noua variantă de Sars-Cov-2.
Ruxandra Rădulescu
27 nov. 2021, 23:35
Tot ce trebuie să ştii despre tulpina africană de coronavirus - Omicron. Explicaţiile unui profesor român din SUA

Omicron este o variantă a virusului Sars-Cov-2 care a evoluat în Africa de Sud, cel mai probabil la un pacient cu un sistem imunitar compromis cu HIV, netratat. Tulpina africană a virusului are peste 30 de mutații, fapt ce i-a bulversat pe oamenii de știință și care consideră că varianta Omicron ar putea fi mai contagioasă decât Delta.

Marea Britanie a confirmat primele două cazuri de infectare cu tulpina super-mutantă, Omicron

Dr. Cristian Apetrei a explicat tot ceea ce este necesar să știm despre noua tulpină africană, inclusiv cum anume a luat naștere varianta Omicron și a detaliat de ce reprezintă un motiv real de îngrijorare.

“În orice caz, avem o nouă variantă. Nasoală. Cu atât mai nasoală cu cât nivelurile de competență ale respondenților sunt cele pe care le cunoaștem. Singura consolare ar trebui să fie că, având în vedere nivelurile de competență ale răspunsurilor, ne putem aștepta ca, mai devreme sau mai târziu, virusul va înceta să mai evolueze. Pe același principiu al reginei roșii la care am făcut în mod repetat referire în legătură cu evoluționismul viral: “în natură, este necesar să fugi cât poți de repede pentru ca măcar să stai în același loc” (Lewis Carroll-Alice în țara oglinzii).

Varianta omicron a apărut cândva prin octombrie în Republica Sud-Africană. Cel mai probabil, ca urmare a infectării unui pacient sever imunodeprimat (probabil HIV netratat-infecția cu HIV are o prevalență mai mare de 30% în populația Africii de Sud), care a produs răspunsuri imune suboptimale. Care răspunsuri au obligat virusul să evolueze ca să le eludeze, dar pe de altă parte nu au fost capabile să-l elimine. Și în acest mod s-a produs o infecție persistentă SARS-CoV-2.
Am mai văzut cazuri din astea, unul dintre ele chiar la un pacient transplantat din Pittsburgh.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33507235/

Bun. Ce a ieșit? Asta a ieșit. O variantă care are în total 50 de mutații, mai mult de 30 dintre acestea în structura proteinei spike și 10 in RBD (receptor binding domain), structura care se leagă la receptori și față de care sunt dirijați anticorpii neutralizanți, inclusiv cei din vaccin.
Mutații în structura proteinei spike – A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
Mutații altele decât în proteina spike- NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R

Cum citim mutațiile? Inițialele sunt aminoacizi.
• D614G. Înseamnă că în poziția 614 a glicoproteinei acidul aspartic (D) a fost înlocuit cu glicina (G). Aceasta este o mutație hipercunoscută, a survenit în tulpina wuhan atunci când a intrat prima oară în Europa anul trecut și a contribuit decisiv la pandemizarea SARS-CoV-2
• L452R. Substituirea, în poziția 452, a leucinei cu arginină: conferă o legare mai bună a proteinei spike la receptor și reduce capacitatea de recunoaștere de către sistemul imun.
• P681R. Înlocuirea, în poziția 681, a prolinei cu arginină. Este considerată a crește infecțiozitatea la nivel celular a virusului prin clivarea precursorului S în configurația active S1/S2.
Nu bun.

Veștile rele:
• Varianta omicron se raspândește cu rapiditate. Într-un grafic al răspândirii inițiale a variantelor virale, bate tot ce mișcă. Vedeți graficul.
• Sunt până în prezent identificate cazuri în Africa de Sud, Lesotho, Botswana, Zimbabwe, Mozambic, Namibia şi Eswatini, Hong Kong și Belgia. Poate or mai fi, dar n-am mai urmărit de vreo câteva ore.
• Mutațiile numeroase în RBD (și NTD) asociază rezistentă la anticorpii neutralizanți (inclusiv anticorpii monoclonali utilizați în terapie).
• Clusterul de mutații din vecinatatea situsului de clivare al furinei (H655Y+N679K+P681H) crește eficiența intrării virusului în celula și deci transmisibilitatea virusului.
• Deleția nsp106 (△105-107) care nu e nouă pentru omicron, poate genera antagonizarea interfenonilor, adică rezistența la imunitatea înnăscută, putând astfel mari transmisibilitatea.
• R203K+G204R sunt mutații care survin în afara domeniului spike, în nucleocapsida (erau în variantele Alfa, Gamma și Lambda) și sunt asociate cu infectivitate crescută.
• În Hong Kong, cei doi pacienți testați aveau încărcături virale extrem de ridicate (pozitivare la 17-18 cicluri de realtime), ceea ce sugerează o producție foarte mare de virus. Poate conduce atât la boala gravă, cât și la transmisibilitate crescută.
• Pacienții din Hong Kong erau în camere diferite, iar virusul a fost găsit răspândit larg în cele doua camere – ceea ce înseamnă că virusul este transmisibil prin aerosoli. Se transmite cu foarte mare ușurință (iar încărcăturile virale mari nu ne ajuta deloc).
Veștile bune:
• deleția △69-70 în gena S permite identificarea foarte ușoară a variantei omicron-deci trasabilitatea ei imediată.
• majoritatea regiunilor din genele N și RdRp, care sunt folosite pentru diagnostic prin testele de realtime PCR sunt conservate. Ceea ce înseamnă că testele vor funcționa pentru monitorizarea pacienților infectați cu varianta omicron.
• la fel, regiunile din structura nucleocapsidei recnoscute de testele rapide antigen nu sunt substanțial modificate și vor putea fi recunoscute. Deci testele funcționează încă.
• Unul din experții în biologie structurală a coronavirusurilor a sugerat că mutațiile combinate P681H și N679K sunt extrem de rare tocmai pentru că nu sunt stabile. A menționat însă că nu se știe cum sunt afectate aceste mutații de restul mutațiilor din structura omicron.

Tulpina africană de COVID se extinde. Peste 60 de persoane sosite din Africa de Sud în Olanda, suspecte de infectare cu varianta Omicron

Ce nu știm?
• în ce măsură virusul are capacitate de a se răspândi masiv în lume înlocuind varianta delta. Care este transmisibilitatea acestui virus (i.e., este R0 mai mare, fiind continuată seria de creșteri cu fiecare nouă variantă)?
• în ce măsură infecția cu omicron are patogenicitate mai mare (i.e., letalitate și sechele mai mari). Se știe deja că unii pacienți pot rămâne în continuare asimptomatici.
Ce știm?
-că trebuie să ne protejăm. Purtați masca ori de câte ori sunteți în spații închise împreună cu alte persoane.
-nu ieșiți din casă dacă aveți febră. Nu vă lăsați colegii/angajații/elevii/studenții să vină la școală dacă au febră.
Din păcate, n-am ieșit din padure, și probabil că o să continuăm să o luăm de la capăt până când vom învăța că trebuie să facem și ce trebuie să facem nu numai ce avem chef.
În imagine, modul în care s-au răspândit inițial variantele virale în Republica Sud-Africană.” a afirmat  Dr. Cristian Apetrei, profesor român în Departamentul de Microbiologie și Genetică Moleculară, membru în Centrul pentru Cercetarea Vaccinului și în Programul Postuniversitar în Microbiologie și Imunologie (PMI) de la Universitatea din Pittsburgh, SUA, potrivit RoVaccinare.

DailyBusiness
Milionarul din România care și-a pus computer și aer condiționat în cavou. Motivul surprinzător pentru care a făcut acest lucru
Spynews
Alina Pușcaș s-a întors la facultate, la 41 de ani! Prezentatoarea TV va face un master. Ce specializare a ales
Bzi.ro
Irina Fodor, dezvăluiri îngrozitoare din show-ul Antenei 1! Care a fost coșmarul de la Asia Express!
Fanatik.ro
Cum a apărut îmbrăcată Andreea Hanca la Farul – Petrolul. Ținuta purtată de soția lui Sergiu Hanca a atras toate privirile în tribune
Capital.ro
Statul vrea bani de la români. Trebuie să achitați minim 500 de lei începând de vineri. Termenul final este 12 septembrie
Playtech.ro
Tot mai mulți români jefuiți în hoteluri din Turcia: “Mi s-au furat de către cameriste o pereche de cercei și un inel cu pietre semiprețioase”
Adevarul
COVID-19 revine în forță la început de an școlar: „Avem o creștere de peste 80% pe săptămână”. Simptome neobișnuite la copii
wowbiz.ro
Ioana Tufaru, la un pas de moarte. Soțul, Ionuț, a găsit-o leșinată pe jos în casă și s-a speriat teribil. ”Puteam să mă duc…dincolo”. Primele declarații sunt șocante
Economica.net
Apare o nouă fabrică de autobuze electrice în România
Prosport.ro
FOTO. Cum arată mama a doi copii care a participat la Campionatele Mondiale de Bikini Fitness
kanald.ro
O femeie a fost lovită în cap cu maceta de partenerul ei, în București. 4 martori au mințit că nu au știut despre incident
Cancan.ro
Primul mesaj al Mihaelei Rădulescu, după reîntoarcerea în România. Bărbatul pentru care are cuvinte de laudă după moartea lui Felix Baumgartner
iamsport.ro
Bombă! FCSB a făcut o ofertă uriașă pentru un jucător de la Eintracht Frankfurt
MediaFlux
Începe sau nu școala pe 8 septembrie? Ministrul Educației, anunț de ultimă oră
stirilekanald.ro
Cine sunt soții care și-au pus capăt zilelor împreună. S-au aruncat în gol de la etajul trei
substantial.ro
Dacă o persoană nouă te curentează la prima atingere, iată ce înseamnă